События после гибели Нео и Тринити, показанные и рассказанные в виде флэшбэков (НОВЫЙ ЛОР):
Нео стал первым живым человеком, посетившим Город машин за несколько веков. Его появление, прохождение по техническим коридорам, разговор с Источником и последующее самопожертвование во имя мира между людьми и машинами произвело неизгладимое впечатление на представителей высшей расы 01. Многие из них выступили за прекращение порабощения людей. Шестая версия матрицы была отключена, все программы, обеспечивающие ее работу, включая Пифию и Архитектора, были стерты. Вскоре после отключения матрицы в Городе машин начался энергетический кризис, который привел расу 01 к гражданской войне. Часть машин требовала возвращения матрицы. Тем временем, Морфеус был выбран верховным советником Зиона, однако, в связи с большим количеством пробужденных, человеческий город не мог найти ресурсов для развития. Ситуация внутри общества осложнялась взглядами людей на Нео: с одной стороны образовался его культ как Спасителя, с другой - люди верили, что он и Тринити находились в сговоре с 01 и поэтому не вернулись из Города машин. Никому не было известно, что Источник, будучи поражен поступком Нео, тайно велел программе Рама Кандра (индус из Революции) спроектировать Аномалиум - капсулы возвращения к жизни, куда были помещены тела Нео и Тринити. На их регенерацию ушли десятки лет. За это время гражданская война в Городе машин привела к власти новых представителей 01, желавших возвращения матрицы. Программа Аналитик получила сведения об Аномалиуме, убив Рама Кандра. Им было принято решение о создании седьмой версии матрицы вокруг воскрешенных Нео и Тринити. Часть машин, не принимавшая новую власть, пришла к людям, чтобы сосуществовать с ними в мире и процветании. Зион более не мог быть местом спасения, был создан новый город человечества - Ио. Он стал оплотом мира и новых технологий, благодаря которым к людям вернулось небо и урожай. После смерти Морфеуса, новым верховным советником стала Ниобе, бывший капитан "Логоса"...
 
События Воскрешения, происходящие в реальном времени:
Багз - капитан корабля "Мнемозина", она является приверженцем культа Нео и верит, что Избранный все еще жив. Блуждая по матрице в поисках его, она попадает в закрытую модальность событий из отеля "Сердце города", где трое агентов преследуют Тринити. Один из агентов замечает Багз и используя лазейки в коде, приводит ее в квартиру Нео. Там Багз узнает, что имя агента - Морфеус.
Томас Андерсон - создатель культовой трилогии компьютерной экшен игры "Матрица", автор персонажей Нео, Тринити и Морфеуса, зайдя однажды днем в туалет своего офиса, встречает там выдуманного им же персонажа, который предлагает ему принять красную таблетку. Но Томас отказывается, потому что уже принимает синие таблетки после неудавшейся попытки суицида. Взволнованный встречей следующим вечером, Томас пытается шагнуть с крыши, но его останавливает Багз. Вернувшись в реальный мир, Нео вспоминает случившееся с ним и Тринити, а также события в Аномалиуме. Его приводят на встречу с Ниобе, которая показывает ему могилу и мемориал Морфеуса (реального). Многие люди из Ио выражают поддержку Нео, однако, Ниобе решает поместить его под арест. Багз помогает сбежать, а затем команда "Мнемозины", куда входит программа "Морфеус" и три представителя расы 01, добровольно сражающиеся на стороне людей, помогают спасти Тринити. Вновь загрузившись в матрицу, Нео встречает программы Смит и Мировинген, уцелевшие в ходе стирания шестой версии. Победив их, команда "Мнемозины" встречает Аналитика и ценой серьезных усилий пробуждает Тринити, которая в данной версии матрицы оказывается Избранной.