3D аппаратура, как и само по себе 3Д не вредно для здоровья, и для зрения тем более. Но система с затворными очками и последовательным выводом изображений для разных глаз однозначно способствует большей утомляемости. Об этом не говорится только потому, что эту систему выбрали ВСЕ крупные производители электроники, включая турецкий Vestel и ныне китайский Funai.
Быстрое появление и массовое распространение 3Д-аппаратуры тоже легко объяснимо: для ее внедрения не понадобилось фактически вообще переделывать существующие аппараты. В телеках просто увеличили частоту развертки (ее и так увеличивали для улучшения передачи движений, так что все шло к переходу на 3Д), а в плеерах чуть изменили кодек и через HDMI стали передавать "флаг" синхронизации.
Дальше спрашивайте конкретно, а то можно трактаты писать обо всем этом.
З.Ы. Все это я знаю, потому что работаю экспертом в нескольких технических журналах.